本校創(chuàng)立於民國十一年五月廿四日，草創(chuàng)之初，設(shè)備簡陋，後經(jīng)三易校名及校址，與多方之籌備擘劃，始具規(guī)模。三十四年臺灣光復後，改名為〔臺灣省立澎湖初級水產(chǎn)職業(yè)學?！常蓞悄舷壬鸀榈谝蝗涡ｉL，三十七年創(chuàng)辦高級漁撈科，旋將初創(chuàng)之漁撈科歸併於高雄水產(chǎn)學校。

　　四十一年八月改派第二任校長范承修先生接掌校務(wù)，銳意整頓，校務(wù)蒸蒸日上，乃於四十三年增設(shè)高級部。四十八年起接受美援，校舍建築及設(shè)備均年有增加，學校規(guī)模益為宏大。

　　五十四年七月第三任校長李星輝先生奉令接掌本校，著重於充實設(shè)備及加強建教合作等工作之推動。至五十九學年度起奉令停辦初級部，校名乃改為〔臺灣省立澎湖高級水產(chǎn)職業(yè)學?！?。並奉省政府核撥?？睿c國防部門核準撥用隔鄰之軍方營地，於六十一年興建行政大樓，巍峨雄偉，使本校之環(huán)境，為之一新。六十三年八月四日不幸病逝，校務(wù)由教務(wù)主任朱耀榮代理。

　　六十三年十月第四任校長李敏侯先生接掌校務(wù)，積極爭取經(jīng)費，更新各項設(shè)施設(shè)備，為日後之發(fā)展奠立更堅實之基礎(chǔ)。

　　六十六年二月第五任校長杜泗輝先生接任，先後大力革新教育風氣及增添教學實習設(shè)備等，充分發(fā)揮職業(yè)教育功能。六十九學年度，校名奉改為〔臺灣省立澎湖高級海事水產(chǎn)職業(yè)學?！?，為海事水產(chǎn)教育之發(fā)展，向前邁進一大步。

　　七十一年八月第六任校長姜亞夫先生接掌本校，一本歷任校長之作風，抱以校作家之精神竭力從公，由於坦誠待人，深得同仁之支持，而校務(wù)方面更熱心擘劃聘請優(yōu)秀教師，光大職業(yè)教育成果。

　　八十一年八月第七任校長張朝造先生接掌校務(wù)，由於全力投入，使學校呈現(xiàn)一片新氣象，然因積勞成疾，不幸於十二月四日病逝，校務(wù)由教務(wù)主任陳泗育代理。

　　八十二年二月第八任校長俞朝慶先生接任，積極推動五育並進教育的落實及校務(wù)發(fā)展的革新，皆有顯著之績效，使本校更邁向嶄新的一面。任內(nèi)之重要建設(shè)有莊敬樓新建五層大樓及操場大部分工程，並增設(shè)電子通信科。

　　八十五年八月第九任校長林亨華先生接篆，以創(chuàng)新的領(lǐng)導風格及前瞻穩(wěn)重的辦學方式，期為本校塑造良好形象，開創(chuàng)更茁壯的前景。在其任內(nèi)積極爭取經(jīng)費完成大操場之全部工程以及多功能之大型體育館，擘畫學校長期發(fā)展目標，在多科單班原則下，增設(shè)餐飲管理科、資訊科與汽車科，並完成多項技術(shù)士檢定場。

　　八十八年七月一日起，因臺灣省政府功能業(yè)務(wù)與組織調(diào)整，省立學校併入教育部，並於八十九年二月一日起，奉準改名為〔國立澎湖高級海事水產(chǎn)職業(yè)學?！?。

九十二年二月林亨華校長榮調(diào)國立馬公高級中學，校務(wù)由教務(wù)主任蕭文己先生代理。

　 代理校長蕭文己先生奉教育部之令自九十二年二月一日起至新校長到任(九十二年八月八日)止代理校務(wù)，以「臨淵履薄」之精神力求守成。在加強校園四週防護措施之下安全地度過 SARS 危機。

九十二年八月第十任校長謝乾坤先生接掌本校。

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